Mi-husky, mi-loup, Balto ne sait pas à quelle race il appartient. En Alaska, il se sent rejeté par tous, sauf par ses vrais amis, Boris, l'oie des neiges russe, Muk et Luk, les petits ours polaires, et Jenna, la belle husky. Un jour, une épidémie de diphtérie se répand rapidement parmi les enfants de Nome. Un blizzard terrible barre toutes les routes : impossible d'aller chercher les médicaments qui pourraient sauver la vie des enfants... à moins qu'une équipe de chiens de traîneaux ne parcoure 1000 kilomètres à travres l'aveuglante tempête de neige de l'Arctique pour ramener le sérum. Mais les chiens s'égarent dans ce désert glacé. Balto est désormais le seul à pouvoir secourir l'équipage et sauver les enfants.