Quand le menaçant Storm King envahit Canterlot avec le plan de voler la magie aux poneys, le futur même d'Equestria est en danger. Cette aventure embarque les poneys à chercher du secours dans un voyage héroïque et plein d'actions, au-delà des frontières de leurs foyers, à travers les montagnes magiques, les mondes sous-marins, et même dans un bateau pirate volant.