Final Fantasy : Unlimited nous narre l'histoire de jeunes jumeaux à la recherche de leurs parents, disparus dans un monde inconnu. Tout commence quelques années auparavant, lorsque deux mystérieuses créatures, sorties d'un gigantesque pilier reliant le ciel et la mer, se livrent un féroce combat. Marie et Joe Hayakawa, deux scientifiques témoins de la scène, se passionnent pour cet étrange phénomène et découvrent l'existence d'un univers inconnu. Ils décident alors de rédiger un livre à son sujet et partent découvrir les secrets de ce monde... Douze ans ont passé, sans nouvelles de leurs parents, Ai et Yu Hayakawa décident de partir sur leurs traces avec pour seul indice une rumeur révélant le moyen d'atteindre le pilier et d'accéder à cette nouvelle dimension.