Mille ans ont passé depuis le grand déluge qui a mis fin à l'âge de Dofus et transformé les continents de jadis en archipels. Et si aujourd'hui, les sages se disputent quant aux causes du cataclysme, tous s'accordent pour constater que le monde n'est pas sorti d'affaire : les eaux montent, la nature devient folle, et surtout, le Wakfu, l'énergie primordiale créatrice du monde, est fortement perturbée. Sur une petite île au large d'Amakna se trouve un petit village perdu dans la forêt : Emelka. C'est ici que l'aventure commence !