Sous la charmante ville de Cheesebridge, il existe un peuple de créatures étranges, les Boxtrolls, qui sortent chaque nuit voler les enfants de la cité. C'est en tout cas ce qu'ont toujours cru les habitants de la ville. En réalité les Boxtrolls sont d'adorables individus qui élèvent comme un des leurs un jeune garçon abandonné nommé Oeuf. Quand le terrible exterminateur du village les prend pour cible et commence à les chasser, Oeuf n'a d'autre choix que de s'aventurer hors des souterrains pour sauver la seule famille qu'il n'ait jamais connue.