Criblé de balles, un homme est repêché par l’équipage d’un bateau de pêche ; il ne devra la vie sauve qu’à un médecin anglais original et alcoolique qui va le soigner mais tenter de lui faire retrouver son identité car l’inconnu est devenu amnésique. Il dispose tout de même de quelques indices dont un fragment de microfilm implanté sous la peau et portant les références d'un compte bancaire en Suisse. Ainsi commencent les aventures de Jason Bourne, traqué par une bande de tueurs, dont le terroriste Carlos, et cherchant à comprendre son passé.