Le crâne de René Descartes, trésor de la collection de Georges Cuvier, déambule parmi les squelettes de la galerie d'Anatomie comparée au Jardin des Plantes, en attendant son transfert au musée de l'Homme. Mais après sa trop longue histoire, il est en proie à une grave crise d'identité : le doute dont il avait fait un outil infaillible le ronge, et il n'est même plus sûr d'être qui il est. Autour de lui, les reliques animales s'animent elles aussi et entrent en dialogue avec le théoricien de l'« animal-machine ». C'est donc une enquête qui commence conduite de main de maître par la grande baleine bleue. Il faut aider le crâne à y voir clair, reconstruire son passé et, pourquoi pas, le faire revenir sur certaines théories erronées !