Depuis la disparition de son père, Asuna, une jeune écolière, a pris pour habitude de s'isoler dans les collines. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque et sauvée par Shun, un garçon à l'allure héroïque. Avant de disparaître, ce dernier lui dit venir d'un monde oublié appelé Agartha. Avec l'aide de l'un de ses professeurs, Asuna va partir à la recherche de cette légendaire terre des dieux où se trouve caché le secret permettant de ramener à la vie des êtres disparus.