Dans les montagnes reculées de Croatie, un archéologue fait une découverte étrange : les os d'une femme cachés depuis des millénaires dans une chapelle catholique souterraine. Dans le même système de cavernes, des peintures primitives élaborées racontent l'histoire d'une immense bataille entre des tribus de Néandertaliens et de sombres créatures. Avant d'avoir pu comprendre qui était ce mystérieux ennemi, l'équipe de recherches est attaquée. Cette nouvelle enquête mènera le commandant Gray Pierce et la Sigma Force dans un passé lointain.