Année 2030 au Japon, la major Kusanagi subit la vengeance d'un terroriste dont elle a tué le fils. Peu de temps après, le marionnettiste, le plus doué des hackers de la planète, fait de nouveau parlé de lui en se dupliquant dans un corps cybernétique. Capturé, il demande l'asile politique en tant que forme de vie née du réseau.