Keitaro Amagi est un jeune homme fasciné par les océans. Il accepte un emploi de balayeur au Magmell, un immense complexe sous-marin situé à 200 mètres de profondeur. Auprès du professeur Minato, il découvre les secrets des calamars géants, sauve une espèce en danger, affronte les pêcheurs et oeuvre à la préservation du monde marin menacé par les activités humaines.