À l'auberge de la Truite, Malcolm, 11 ans, et Alice, 16 ans, aiment écouter les aventures des visiteurs. Certains sont étrangement intéressés par un bébé nommé Lyra et par son daemon Pantalaimon, gardés par les nonnes du prieuré tout proche. Alors que de nombreux dangers menacent l'enfant, les deux adolescents s'enfuient avec lui à bord de la Belle Sauvage, le bien le plus précieux de Malcolm.