Alors que le groupe doit affronter un réseau d'agents spéciaux particulièrement entraînés, le Syndicat, l'équipe est dissoute et Ethan Hunt se retrouve désormais isolé. Cette organisation sans scrupules est déterminée à mettre en place un nouvel ordre mondial à travers des attaques terroristes de plus en plus violentes. Ethan regroupe alors son équipe et fait alliance avec Ilsa Faust, agent britannique révoquée, dont les liens avec le Syndicat restent mystérieux.