Leonardo, le leader, Michelangelo, le beau gosse, Raphael, le rebelle et Donatello, le cerveau, vont tout faire pour défendre la ville de New York, prise entre les griffes de Shredder. Entre deux dégustations de pizzas et un entraînement intense aux arts martiaux, prodigué par leur maître Splinter, ils vont accomplir leur destin, aidés par la courageuse reporter, April O'Neil.