Le jeune Merlin arrive dans la ville légendaire de Camelot, envoyé par sa mère auprès du médecin du roi, le sage Gaius. Dans ce royaume fantastique fait de bêtes mythiques et de personnages mystérieux, les pouvoirs de Merlin doivent restés secrets, car la magie a été bannie. Il fait alors la rencontre du prince Arthur, fougueux et têtu ; tout les éloigne, et pourtant, Merlin va vite découvrir que leurs destins sont intimement liés. Dès lors, Merlin se sert de ses talents pour révéler au grand jour les secrets mystiques de Camelot.