Même si le mystère de la mort de Laura Palmer est maintenant résolu, l'agent spécial Dale Cooper reste à Twin Peaks car son ennemi juré Windom Earle va bientôt frapper. De plus, des responsables du "Jack n'a qu'un oeil" ont bien l'intention de se venger de lui. Autour de lui, les habitants de la petite ville traversent tous des périodes difficiles...