L'agent spécial du FBI Dale Cooper a effleuré bien des mystères de la petite ville de Twin Peaks mais il recherche encore qui est le meurtrier de la jeune Laura Palmer. le très puissant Ben Horne dirige aussi une maison très spéciale, le "Jack n'a qu'un oeil" où, à son insu, sa fille a été engagée. Mais le tueur va faire une nouvelle victime et il faudra à Cooper un peu de magie (et l'aide de son supérieur, Gordon Cole) pour découvrir son identité. Certains disparus vont ressurgir et d'autres habitants vont sombrer dans la folie...