A l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de douze ans, est présenté devant le juge. A la question : "Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ?", Zain lui répond : "Pour m'avoir donné la vie !". "Capharnaum" retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.