Dans un Japon féodal magnifique et cruel, le jeune Sire Shigeru, héritier du Clan des Otori, est formé à l'art de la guerre et de la dissimulation, pour déjouer trahisons et complots. A la bataille de Yaegahara contre Iida, le chef des Tohan, son père meurt et Shigeru perd son rang. Ses oncles prennent le pouvoir. Epié en permanence, Shigeru doit vivre reclus et se consacre à l'administration de son domaine. Il tisse à cette époque des liens secrets avec les Invisibles...