Chercheuse intrépide, la doctoresse Lily Houghton quitte Londres pour explorer la jungle amazonienne à la recherche d'un remède miraculeux. Pour descendre le fleuve, elle engage Frank Wolff, un capitaine roublard aussi douteux que son vieux rafiot délabré. L'improbable duo va dès lors affronter d'innombrables dangers - sans parler de forces surnaturelles - dissimulés sous la splendeur luxuriante de la forêt tropicale. Alors que les secrets de l'arbre perdu se révèlent peu à peu, les enjeux s'avèrent encore plus grands pour Lily et Frank. Ce n'est pas seulement leur destin qui est en jeu, mais celui de l'humanité tout entière...