Nathan se trouve cette fois plongé dans le passé et va devoir triompher de Yo-kai maléfiques bien décidés à briser le lien d'amitié que notre héros a noué avec les Yo-kai. Avec l'aide de ses fidèles compagnons Whisper et Jibanyan et de son grand-père, Nathan va devoir découvrir comment la première Yo-kai Watch a été créée.