1611. L'Alexandria, un navire marchand, fait naufrage au large des côtes du Japon. L'équipage est massacré par des pirates ninjas. Jack Fletcher, un jeune garçon, seul survivant, se retrouve orphelin. Il est secouru par Masamoto Takeshi, un guerrier légendaire, et son seul espoir de venger son père est de devenir un véritable samouraï.